空间蛋白质组学（Spatial Proteomics）和空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是空间组学（Spatial Omics）领域中的两项关键技术，它们的核心目标都是在空间维度上解析细胞与组织中的分子分布情况，但关注的生物分子类型和技术路线有所不同。

一、定义与研究对象

简而言之：

• 空间蛋白质组学揭示“细胞在什么位置做什么事”；
• 空间转录组学揭示“细胞在什么位置准备做什么事”。

二、技术原理与方法

1、空间蛋白质组学

（1）抗体标记类方法：

• 如 CODEX、MIBI、IMC（Imaging Mass Cytometry）；
• 利用金属标记抗体进行组织染色，再通过质谱成像等手段识别多重蛋白信号。

（2）质谱成像类方法：

• MALDI-MSI、timsTOF fleX；
• 无需抗体，通过直接检测组织切片上的蛋白质/肽段进行空间定位。

（3）激光微切+质谱：

• 利用激光显微切割特定区域，提取蛋白质后用LC-MS/MS进行定量分析。

2、空间转录组学

（1）原位捕获类方法（主流）：

• 如 10x Genomics Visium、Slide-seq、Stereo-seq；
• 在玻片表面预制引物阵列，原位捕获组织中的mRNA，结合测序获取空间坐标。

（2）原位杂交类方法：

• 如 MERFISH、seqFISH+；
• 使用荧光探针靶向特定mRNA，通过多轮成像实现空间分布解析。

三、分辨率与通量

解释：

• 空间蛋白组受限于抗体种类或质谱识别能力，通量相对较低；
• 空间转录组可以覆盖整个转录组，但空间分辨率需权衡。

四、优势与局限性

1、空间蛋白质组学

（1）优势：

• 直接检测功能执行者，结果更贴近生物表型；
• 不依赖转录水平，能捕捉翻译后调控与修饰。

（2）局限：

• 技术通量受限（尤其是抗体依赖方法）；
• 缺乏统一标准，数据处理复杂。

2、空间转录组学

（1）优势：

• 高通量、覆盖面广，适用于构建空间细胞图谱；
• 与单细胞RNA测序高度兼容，可整合分析。

（2）局限：

• mRNA表达不等于蛋白质表达，可能存在表达偏差；
• 空间分辨率与覆盖范围难以兼得。

五、实际应用场景对比

尽管空间蛋白质组学和空间转录组学各自有优劣，但它们并非相互替代，而是互为补充的关系。当前已有越来越多的研究尝试将两者整合，构建空间多组学（Spatial Multi-Omics）平台，实现对组织微环境更加立体、精准的解读。在百泰派克生物科技，我们提供覆盖空间蛋白质组、空间转录组、空间代谢组的全流程解决方案，依托先进的成像质谱与高分辨单细胞技术平台，帮助客户从组织到分子、从图谱到机制实现精准解析，广泛应用于肿瘤、免疫、神经和代谢等研究领域。欢迎联系百泰派克生物科技获取定制化实验方案和数据分析服务！

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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