在高通量测序技术日新月异的当下,small RNA(涵盖 miRNA、siRNA、piRNA 等)研究已然成为探索生命调控奥秘的关键领域。而基于T4 RNA连接酶的建库技术,作为small RNA研究的核心环节,却长期受两大技术难题困扰:
①连接效率欠佳:传统T4 RNA连接酶对短链RNA适配性不足,极易产生接头自连等副产物,致使文库出现严重偏好性;
②末端偏好性显著:普通酶易受RNA二级结构或末端修饰影响,从而导致数据偏差。
图1.传统T4 RNA连接酶在small RNA建库中的应用流程示意图[1]
如今,T4 RNA连接酶2截短型(T4 RNA Ligase 2, truncated,T4 Rnl2tr)的问世,彻底改写了small RNA建库技术格局。该酶能够特异性催化5´端预腺苷化的DNA/RNA与RNA 3´-OH末端的连接反应。其独特之处在于无需ATP参与,不过必须搭配5´端预腺苷化接头使用。当它与T4 RNA ligase 1协同运作时,可实现打断RNA的直接接头连接,有效遏制接头串联和自连现象,大幅提升测序文库的构建质量。
图2.T4 Rnl2tr联合T4 RNA ligase 1在small RNA建库中的应用流程示意图[2]
在此,我们向您推介翌圣生物全新研发的T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ(Cat#14653)。这款酶作为T4 Rnl2tr的双点突变体(R55K, K227Q),在保持高效连接活性的同时,极大程度降低了RNA的非特异性连接问题,诸如 RNA 串联或自连成环等情况,堪称small RNA 3'端接头连接和cDNA文库构建的绝佳之选。
目前,翌圣生物已成功构建起完备的T4 RNA连接酶产品矩阵,包括T4 RNA ligase 1、T4 RNA ligase 2和T4 RNA ligase 2, truncated KQ,满足您多样化的科研需求。其特点及应用见下表:
性能展示
翌圣T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ(Cat#14653)
超强切割活性,媲美进口品质
使用翌圣和来自进口Supplier A*的T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ分别按照不同投入量加入体系中对31 nt的ssRNA底物(Substrate 1)和17 nt预腺苷化的ssRNA底物(Substrate 2)进行连接实验。结果表明,翌圣产品能高效连接 ssRNA 底物,连接效果与进口产品不相上下。
图3.T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ连接效果验证
无核酸外切酶、切口酶、RNase酶残留
将200 U T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ分别与核酸底物孵育,并通过琼脂糖凝胶电泳分析谱带变化。实验结果表明,翌圣的3个批次T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ均未检测出核酸外切酶、切口酶或RNase 残留,为您的实验结果准确性与可靠性保驾护航。
图4.T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ核酸外切酶、切口酶、RNase残留检测结果
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参考文献:
[1] Raabe C A , Thean-Hock T , Juergen B ,et al.Biases in small RNA deep sequencing data[J].Nucleic Acids Research, 2014(3):1414-1426.DOI:10.1093/nar/gkt1021.
[2] Sorefan K , Pais H , Hall A E ,et al.Reducing ligation bias of small RNAs in libraries for next generation sequencing[J].Silence, 2012, 3(1):4-4.DOI:10.1186/1758-907X-3-4.